Одним из ведущих является вопрос оформления счетов-фактур.
При налоговой проверке счета-фактуры проверяются на предмет их соответствия ст. 169 НК РФ и Правилам ведения журналов учета счетов-фактур (Постановление Правительства РФ от 2 декабря 2000 г. N 914).

Если счет-фактура оформлена с нарушением действующего законодательства, то организация лишается права на налоговый вычет по НДС. Получить у поставщика исправленный счет-фактуру налогоплательщик может в том же налоговом периоде. Обязательное условие - идентичность экземпляров счетов-фактур покупателя и поставщика.
   Правила ведения журналов учета счетов-фактур разрешают смешанный способ их заполнения. Исправлять счет-фактуру в более поздние налоговые периоды следует в порядке, установленном названными Правилами, с указанием даты внесения исправлений, подписи уполномоченного лица и печати организации-поставщика товаров(работ, услуг). На практике счет-фактура заполняется смешанным способом до момента выявления нарушения при проведении мероприятий налогового контроля.
Если налогоплательщик выявил технические ошибки в ИНН, КПП, номере расчетно-платежного документа, номере ГТД или неверно указанные наименование организации и адрес, лучше попросить поставщика оформить новый счет-фактуру. Еще один важный момент - подписи, содержащиеся в счетах-фактурах. Если счет-фактура подписан лицом, уполномоченным на основании доверенности или приказа, то оптимальным вариантом для покупателя с точки зрения минимизации налоговых рисков является указание в счете-фактуре Ф.И.О. лица, фактически его подписавшего. Желательно также получить у поставщика товаров (работ, услуг) доверенность или приказ, в котором содержится образец подписи лица, уполномоченного на подписание счета-фактуры.
Наименование товара (работ, услуг) может быть по-разному указано в договоре, спецификации, накладной (акте), счете-фактуре. Обычно оно совпадает в счете-фактуре и спецификации или накладной и не совпадает с предметом договора. Работы и услуги в счете-фактуре указываются так, как они определены в договоре. В акте выполненных работ (оказанных услуг) содержится, как правило, более широкое описание выполненных работ (оказанных услуг). При наличии расхождений проверяющие могут не принять такие счета-фактуры. Во время нахождения проверяющих на территории организации или при наличии таких претензий в акте проверки (во время рассмотрения материалов в инспекции) налогоплательщику следует доказать факт совпадения наименования товара (работ, услуг), указанного в счете-фактуре и в любом подписанном сторонами документе (спецификации, договоре, накладной, акте). Это позволит фактически идентифицировать приобретенные товары (работы, услуги) и снять претензии налогового органа еще на стадии проведения проверки.
   Выявление во время проверки счетов-фактур, оформленных с нарушением законодательства, чаще всего сопровождается их выемкой (ст. 94 НК РФ) и в ряде случаев истребованием копий таких счетов-фактур (ст. 93 НК РФ). Если организация не собирается обращаться в арбитражный суд, то надо попросить поставщиков оформить исправления счетов-фактур в соответствии с требованиями Правил ведения журналов учета счетов-фактур. В этом случае налоговый вычет по НДС может быть получен в период исправления счетов-фактур. Значит, организации потребуется сдать уточненные декларации за налоговые периоды, когда счета-фактуры были предъявлены, а также за период, когда они были исправлены. Потери организации в этом случае составят суммы пеней и штрафа за период с даты неправомерного предъявления налогового вычета по НДС до даты внесения исправлений в счета-фактуры.
   Исправлять стоит только те недостатки, которые приводят к нарушению ст. 169 НК РФ. Несоответствие счетов-фактур требованиям Правил ведения журналов учета счетов-фактур не является, по мнению арбитражного суда, основанием для отказа налогоплательщику в вычете.
Не каждый налогоплательщик готов спорить с инспекцией в арбитражном суде. Поэтому организации могут застраховать себя от неправильного оформления счетов-фактур поставщиками еще на стадии подписания договора. В договоре можно предусмотреть, что поставщик товаров (работ, услуг) обязуется предоставить покупателю счет-фактуру, содержание которой отвечает требованиям законодательства РФ. Если поставщик не исполнил свою обязанность, он уплачивает покупателю штраф, размер которого определяется как сумма НДС, пеней и штрафа, начисленных покупателю налоговым органом по причине несоответствия счета-фактуры требованиям законодательства РФ.